War ein Todesurteil nach Ablehnung des Gnadengesuchs rechtskräftig geworden, löste der Generalstaatsanwalt der DDR bei der Verwaltung Strafvollzug des Ministeriums des Inneren die Vollstreckung aus, an der nur ein sehr begrenzter Personenkreis beteiligt war.

Ab 1954 existierten für die Vollstreckung der Todesurteile nach heutigem Wissen drei Dienstanweisungen, die Ablauf und Zuständigkeiten penibel regelten. Die letzte Anweisung stammt aus dem Jahr 1968 und ist eine gemeinsame des Ministers des Inneren (gleichzeitig Chef der Deutschen Volkspolizei) des Generalstaatsanwalts der DDR sowie des Minister für Staatssicherheit. Bemerkenswert ist, dass das MfS offiziell in den Vollzug von Hinrichtungen gar nicht hätte involviert sein dürfen.

Bis 1967 wurden Todesurteile in Leipzig mit der Guillotine vollstreckt. Nach einer Änderung des Strafgesetzbuches richtete man ab 1968 mit einem „unerwarteten“ Nahschuss in das Hinterhaupt hin. Anwesend waren bei der Hinrichtung der Leiter der Strafvollzugseinrichtung, der zuständige Staatsanwalt, der Leiter des Haftkrankenhauses Leipzig-Meusdorf als Arzt, der Scharfrichter, zwei Gehilfen sowie in der Regel ein Offizier des MfS. Für die 70er und 80er Jahre ist inzwischen relativ sicher belegt, um welche konkreten Personen es sich bei diesen Amtsträgern handelte. Scharfrichter und Gehilfen waren Angestellte der Strafvollzugseinrichtung und wurden jeweils für die Hinrichtungen herangezogen. Nach der Hinrichtung vernagelten die beiden Scharfrichtergehilfen den Sarg und brachten diesen ins Krematorium auf dem Leipziger Südfriedhof. Er wurde nicht noch einmal geöffnet, sondern umgehend in Anwesenheit der Gehilfen verbrannt. Der erste 1960 in Leipzig Hingerichtete war noch im Krematorium Dresden Tolkewitz eingeäschert worden. Nur die Namen der nächsten vier in Leipzig Hingerichteten sind im Einäscherungsbuch des Krematoriums auf dem Südfriedhof verzeichnet; später wurden die Leichname nur noch unter den Stichworten „Anatomie“ oder „Abfall“ registriert. Ablauf und Umstände der Hinrichtungen unterlagen strengster Geheimhaltung. Auf den Totenscheinen waren selbst Todesursache und –ort stets gefälscht. Angehörige erfuhren teilweise erst nach 1989 vom Schicksal ihrer Familienmitglieder.